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生物安全柜的维护
保持生物安全柜表面清洁和无污染状态，定期清洁台面下部区域。以下情况需要熏蒸：检查和维修之前;更换HEPA滤器前;移动生物安全柜之前;生物安全柜被严重地污染;变换使用目的;长时间未用;其它目的需要熏蒸时。
除最基本的生物安全柜工作前后的运转净化、及时消毒等维护，到定期检查空气的层流、流速、噪音、泄漏、紫外线强度、高效过滤膜的破损等，实验室都应严格执行生物安全柜的维护检验程序。生物安全柜作为生物安全的关键防护设备，必须进行有效的消毒处理后，方可实施生物安全柜的检修，以保证人员的个人安全。

生物安全柜的清洁消毒
生物安全柜内的所有物品，包括设备，都应在工作完成之后进行表面去污处理并从柜内取出，因为残留的培养介质可能会提供微生物的生长条件。生物安全柜的内表面应在每次使用前与使用后进行去污处理。要用消毒剂擦拭工作台表面及内壁面，使用的消毒剂应能杀死柜内可能存在的所有微生物。
一天工作结束时，应进行最后表面去污处理，即对工作台、各个侧面、背面及玻璃的里面进行全面擦拭。可以使用70%酒精这种对目标生物有效的消毒剂。
建议工作柜在清洁、消毒时处在工作状态。如果其未处在工作状态，则应运行5分钟，以便在生物安全柜关闭前将其中的气体清除掉。

生物安全柜的去污处理
对Ⅰ级和Ⅱ级生物安全柜的去污，是将适量的低聚甲醛(使柜内空气中的低聚甲醛的最终浓度为80%)置于电热盘或煎锅上(从柜外控制)。另将一个放有比低聚甲醛多10%的碳酸氢的电热盘或煎锅也放在柜内(在柜外控制)。这第二个容器上应带盖，这个盖子可以从远处取下来(例如系在一根线上，线可以从柜外拉动)。这样可以使提前中和的低聚甲醛达到最小。
如果相对温度低于70%，有热水的开口容器。如果没有前隔板，则要用生型塑料挡板，将其用胶带粘在前脸，确保不会有气体漏入房间。当盘内的低聚甲醛已全部挥发或开关已打开1小时后，将开关关闭。将生物安全柜放置一整晚不得触动。然后将第二个盘子的盖移开并打开其开关，碳酸氢氨开始挥发。
这时，关闭盘子的开关，让生物安全柜开始工作，使碳酸氢氨气循环1小时。然后可以取下前隔板(或塑料挡板)，生物安全柜即可使用。